Im Mittelpunkt der Handlung steht der Gott der List und des Betrugs, Loki, der es schafft, den Tesseract zu ergreifen und während des Chaos zu entkommen. Bevor er seine Freiheit vollständig genießen kann, wird er jedoch von unbekannten Soldaten gefangen genommen, die ihn an einen seltsamen und völlig unbekannten Ort bringen. Es wird schnell klar, dass er zur Time Variance Authority gebracht wurde, wo er wegen der Verletzung der Heiligen Zeitlinie vor Gericht stehen wird. Und nachdem er zu einem “Reset” verurteilt wurde, findet Loki unerwartet Rettung in Form von Agent Mobius, der ihm seine Hilfe im Austausch für Zusammenarbeit anbietet.