Die Story dreht sich um die talentierte FBI-Agentin Alex Parrish, welche fünf andere Personen in der FBI-Akademie in Quantico zu neuen Agenten ausbildet. Nach dem größten Terroranschlag seit dem 11. September 2011 wird sie jedoch selbst zur Hauptverdächtigen und versucht fortan, ihre Unschuld zu beweisen.