En el centro de la trama se encuentra el dios del engaño y la decepción, Loki, quien logra apoderarse del Teseracto y escapar durante el caos. Antes de que pueda disfrutar plenamente de su libertad, es capturado por soldados desconocidos que lo escoltan a un lugar extraño y completamente desconocido. Pronto queda claro que ha sido llevado a la Autoridad de Variación Temporal, donde será juzgado por violar la Línea Sagrada del Tiempo. Y después de ser condenado a un “reinicio”, Loki encuentra inesperadamente la salvación en forma del Agente Mobius, quien le ofrece su ayuda a cambio de cooperación.